前台南縣政府為解決流浪動物造成的社會問題，在兼顧動物保護與尊重生命之精神下，讓流浪動物生命結束前可以受到人道及文明方式集中管理，同時推廣流浪犬認養工作及正確的寵物飼養知識與動物保護觀念，於民國88年5月動工興建，並於89年8月完工啟用，專責執行動物保護及流浪犬收容管理等工作。 善化站佔地約一千五百坪，其內設有軟硬體之設施，主要區分為行政作業區、收容作業區、生態教育園區等三大區域。
